Ganondorf déchaîné
L'ancien roi des Gerudos a été inexplicablement relâché dans la nature. On ne comprend pas ce qui s'est produit, mais on a tous vu les conséquences; la nature s'est assombrie, le monde est vil, les peuples sont en danger. Tous les peuples sont attaqués par les forces du mal, Metzli, le royaume du Crépuscule inclus.
Metzli, le royaume du Crépuscule
Suite à l'effondrement de la Tour du Jugement, le miroir entre les deux mondes est maintenant ouvert en permanence. Pour la première fois de l'histoire d'Hyrule, n'importe quel Hylien ou Twili ― ou toute autre race ― peut voyager librement entre Hyrule et Metzli. Malheureusement... Les Twilis sont maintenant la victime du Fléau. Ceux qui n'arrivent pas à se défendre contre le mal, ou qui ne rejoignent pas directement le mal sont transformés en des Messagers, des monstres surpuissants qui essaient d'éliminer toute résistance contre le mal. Ils naissent naturellement dans Metzli, et ils envahissent quotidiennement Hyrule pour y répandre les ténèbres. Puisque le miroir a été endommagé, le miroir ne peut plus être refermé. Il faut donc subir les attaques de ces Messagers, mais Midona et Zelda souhaitent travailler ensemble pour réparer les dégâts causés par le mal et y mettre fin.
Activité des monstres accrue
Les Bokoblins, Moblins, Lézalfos, et Aéralfos semblent être maintenant au service de Ganondorf. Ils attaquent tous les peuples et ont maintenant envahi les Twilis. Les routes ne sont plus sécuritaires. Le Fléau a rendu les monstres beaucoup plus agités, agressifs, et même les Chuchus font peurs aux voyageurs. Les monstres semblent être devenus plus forts, et on a l'impression que les nuits où on voit des pleines lunes rouges de sang les rendent encore plus puissants, comme si cela les régénérait.
Le mal visible
Le soleil n'est pas assez fort pour percer le mal; les journées sont des tempêtes perpétuelles. Le désert est pris dans un orage sans fin, la pluie n'arrête plus dans le domaine Zora, des orages et des tornades ravagent Hébra, la Montagne de la Mort grogne en permanence. Les zones les plus éloignées du désert s'assombrissent petit à petit, mais elles ne sont pas pour autant sécuritaires : Akkala, la seule région où il fait encore soleil, est maintenant le nid des monstres les plus sanguinaires d'Hyrule, rendant la région la plus meurtrière qui soit.
De temps en temps, on peut apercevoir une masse noire dans le ciel, grondante, que les gens associent au mal. Cette espèce de bête ne semble pas s'intéresser encore aux vivants, mais semble vouloir se diriger vers le château.
Une matière gluante noire et mauve couvre peu à peu les terres d'Hyrule. Cette matière semble être extrêmement toxique, causant une vive douleur à toute personne qui la touche. Personne ne sait comment ce miasme est généré, prenant tout le monde par surprise, et de temps en temps, des créatures monstrueuses, inexplicables, jaillissent de cette masse, semant la destruction partout sur son chemin.
À venir
Les princesses Midona et Zelda vont se regrouper, avec les autres dirigeants d'Hyrule, au château, afin de discuter de leurs plans à venir. La Citadelle semble être le dernier bastion contre le mal, le seul endroit où les forces du mal n'arrivent pas à percer. Est-ce la bénédiction des déesses, ou y aurait-il une autre raison?